Его называли «подводником № 1». Его имя носит Музей истории подводных сил России, Одесское мореходное училище, улицы многих городов. Памятники ему установлены в Калининграде.
«Лествица» преподобного Иоанна на протяжении веков была и остается одним из самых известных и читаемых аскетических творений во всем христианском мире.
